È la più antica chiesa di Nettuno, ancora conservata nelle sue strutture fondamentali (ad eccezione del piano di copertura ristrutturato nel 1870). Il suo comprensorio, anticamente, era un possedimento dei monaci Basiliani, che vi avevano edificato un grande magazzino per i granai, che si trovavano a mezzogiorno della chiesa (pressappoco dove oggi corre e si ferma la corriera per Anzio) su vecchie fondamenta di un antico tempio pagano, dedicato alla dea Fortuna, mentre a ponente, nell'area dell'ex orto dietro la chiesa, prima della diffusione della peste, fu sede cimiteriale.
Il poverello d'Assisi peregrinando da Gaeta, attirato dall'ameno luogo, nei primi del 1200 vi fondò (fuori del Borgo) il convento per i suoi frati, e la bella chiesa che dedicò a San Bartolomeo apostolo. È logico pensare che il Santo fosse passato in queste ubertose zone di ritorno dai turcomanni, già prima di costruire gli altri conventi dell'Umbria.
Difatti il Capitolo della Collegiata di allora, nella solennità del santo, vi si recava ogni anno in processione, dove l'arciprete parroco, in persona, vi cantava la messa solenne. Alla morte del Patriarca, quando la Chiesa lo beatificò, i frati del convento, uniti al popolo devoto, vollero fare contitolare della loro chiesa il fondatore dell'Ordine. In seguito però il Capitolo non se la senti di assumersi l'onere di continuare la processione annuale, anche se gli eccezionali prodigi, operati tra le genti, erano già ampiamente documentati. E la consuetudine della processione cessò col passare degli anni.

Nell'interno della chiesa, si possono ammirare due pregevoli affreschi di autore ignoto: S. Francesco e Santa Lucia. Il quadro del Sacchi nella pala dell'altare maggiore, raffigurante S. Bartolomeo e l'affresco della battaglia di Lepanto sulla volta di una navata, opera di Giuseppe Brovelli Soffredini. Alla sommità della pala dell'altare maggiore è possibile ammirare lo stemma proprio dell'Ordine Francescano delimitato da due bassorilievi paganeggianti. Vi si possono leggere anche tante iscrizioni antiche. La campana grande della torre campanaria fu donata da RA. Soffredini nel 1724, e porta sovraimpressa questa iscrizione: PFTRUS ANTONIUS SOFFREDINI NOB1-LIS ANTIATFS IN HONOREM 5. FRANC. FT B. MARIAE LAURETANAE CONSTRUXIT. (Pietro Antonio Soffredini nobile anziate costruì in onore di 5. Francesco e della Madonna di Loreto).