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Dopo l'invasione dei barbari, gli Anziati superstiti riedificarono anche la loro Chiesa che dedicarono alla Vergine Santissima Assunta in Cielo, titolo conservato fino agli ultimi anni del secolo nono, quando assunse quello dei Santi Giovanni Battista ed Evangelista.
È difficile stabilirne l'epoca di erezione. Dalla "viva tradizione e da gran massi ne' fondamenti" (Matteucci, pag. 60), sappiamo che era stata edificata sulle basi del grande tempio al dio Nettuno e che aveva, come l'attuale, alcune stanze destinate all'abitazione dell'Arciprete e dei Canonici obbligati a far vita comune.
Verso il 1700 era ridotta in uno stato tanto deplorevole che le Autorità ecclesiastiche ravvisarono la necessità di demolirla e di erigerne, in sua vece, un'altra più ampia e decorosa.