Così come abbiamo detto, il Borgo è ubicato sul fianco di un alto strutturale che ha il suo culmine ad Anzio.
I terreni su cui poggiano le fondazioni dei fabbricati sono le sabbie dunari della Duna Quaternaria Antica ed il Macco (calcarenite fossilifera del Pliocene medio-superiore). Le sabbie dunari addensate, ricche in alcuni punti di brecciolino siliceo, ricoprono nell'80% il Macco, per uno spessore di 2-3m. La maggior parte dei fabbricati ha le mura di fondazione ammorsanti nella Duna Antica. A queste conclusioni si è arrivati senza fare nessuno scavo o perforazione, ma esaminando le numerose gallerie e cunicoli sotterranei sia entro le mura del Borgo, sia esternamente alle mura, nelle immediate vicinanze, nel centro di Nettuno.

Per risalire alla stabilità delle fondazioni, si è fatta preliminarmente una indagine geologica di superficie, e poi, attraverso i vicoli medioevali, esaminando meticolosamente i muri dei fabbricati, annotando eventuali crepe, fessurazioni nel selciato dei vicoli, il reticolo di deflusso delle acqua piovane nelle strade e nei pozzetti di scolo.
Purtroppo non si sono potute avere mappe particolareggiate né delle gallerie sottostanti i vicoli e i fabbricati, né l'ubicazione dei condotti fognari e dell'acqua potabile. L'aiuto è emerso attraverso una accurata e paziente indagine, quasi porta a porta, presso privati, che, sensibilizzati, hanno fornito notizie utili sulla topografia antica dei posti e hanno permesso di visitare alcune delle numerose gallerie e cunicoli.

Ci si é resi conto che sia nel Borgo Medioevale, sia in tutto il centro di Nettuno, da S.Giacomo, fino a via Palermo, quasi ogni fabbricato ha la sua cantina scavata in parte nella Duna Antica, e in parte nel Macco.
Gli scavi sono stati effettuati, molto spesso, senza un ordine preciso: alcune gallerie invadono proprietà altrui e proprietà Comunale (strade, piazze). Quasi tutte queste gallerie non sono molto antiche; alcune mappe, avute dai privati, sono dei 1910 e le rappresentano, più o meno, come sono attualmente. In più di una galleria abbiamo trovato date del 1830.

Le gallerie hanno quasi tutte la stessa tipologia: dall'entrata, che dà sulla strada o è all' interno del caseggiato, si scende attraverso una scala con gradini, in genere scavati nel Macco, che dà su un corridoio, ai lati del quale, si aprono delle nicchie, in genere profonde 1,40-1 ,80 m, alte 1,80m, larghe circa 1,4Om; la maggior parte delle nicchie ha il piano rialzato di una ventina di centimetri, dal piano del corridoio, per facilitare il travasamento del vino dalle botti inserite nelle nicchie. In alcune gallerie, al primo corridoio ne seguono altri, a circa novanta gradi dal primo, oppure, questi corridoi si trovano ad un livello più basso e si accede ad essi tramite le scale. Anche in questi nuovi corridoi, da entrambi i lati, sono scavate delle nicchie. Delle nicchie più piccole si possono trovare sulle pareti lungo le scale. Nicchie che ospitavano, in genere le bottiglie. I corridoi terminano, con una nicchia frontale, e in alcune, è scavato un pozzo di aerazione che raggiunge il livello della strada. In altre nicchie si apre un pozzo che raggiunge la falda freatica. Tra gli scalini e le pareti si trovano, in quasi tutte le gallerie due fascioni, tipo rotaia, che servivano a far rotolare le botti. In genere i corridoi sono larghi circa l,40m, e le volte alte 1,90- 2,00 m, rare le gallerie che hanno altezze superiori ai 2,40-2,50metri.

Le gallerie visitate sono dentro il Borgo, a Piazza Segneri, Piazza Colonna, Via Ongaro, lungo le mura del Borgo a Via Matteotti e di fronte al Porto, Via della Resistenza Nettunese, Fontana Vecchia, Palazzo Pamphili. Fuori dal Borgo, in via Gramsci, Piazza S.Francesco, Piazza del Mercato, Via S.ta Maria, Via 24 Maggio, Villa Borghese.
La maggior parte delle gallerie non presenta iscrizioni o incisioni particolari che denotino una assidua frequentazione. Attualmente non sono utilizzate e quasi completamente vuote, o con residui di bottiglie e damigiane.
Nelle gallerie, dove non vi è un pozzo aeratore per la circolazione dell'aria, l'umidità raggiunge il 90% -95% e si condensa sulle volte e pareti, invece, in quelle ventilate, l' umidità, anche se notevole, è sopportabile.

Il Macco, in queste gallerie e cunicoli, è raro trovarlo nella facies litoide più spesso si trova nella facies semilitoide oppure nella facies argillosa addensata, facile a scavarsi.
La Duna Antica, che ricopre il Macco per 2-3 m, dal livello stradale, se è allo stato naturale e non imbevuta di acqua, si comporta come delle sabbie fortemente addensate, poco compressibili.
Il Macco, soprattutto, quello che si trova a 2 -3 m dal livello topografico superficiale, risulta, in alcuni punti "cariato" cioè eroso come in un paesaggio carsico ed i vuoti, in genere camini cilindrici, e le spaccature sono riempiti dalle sabbie rossastre detta Duna.

Nell' insieme il Macco lungo le volte e le pareti risulta abbastanza integro; solo in alcune gallerie le volte dei corridoi risultano percorse da fessure e spaccature non di data recente, comunque sempre da tenere sotto controllo, soprattutto, se al di sopra, nel fabbricato, si dovessero ritoccare i carichi statici.
Solo in alcuni punti il Macco ha ceduto e si vedono le spaccature beanti distanziate di qualche centimetro, in queste zone, comunque, si è provveduto, in tempi abbastanza recenti, consolidando le parti con muri in mattoni o pilastri in cemento armato.

Siccome il Macco si presenta in una serie di banchi con facies diversa: quella sabbiosa concrezionata addensata, permeabile per porosità, quella sabbiosa limosa argillosa addensata, impermeabile, può accadere che, accumuli di acqua nelle sabbie permeabili della Duna Antica, vengano filtrati dal Macco della facies permeabile, e si arrestino là dove incontrano il Macco della facies impermeabile, per cui, rivoli di liquido fuoriescano, come piccole sorgenti al contatto dei due tipi di terreno e, lentamente riempiono i luoghi più bassi delle gallerie.
Questa situazione è generalizzata in tutta Nettuno e laddove strati di Macco permeabile vengono a contatto con strati di Macco impermeabile, in genere ad una altezza di 1 - 2,50m dal livello del mare, si formano delle sorgenti o polle d'acqua, come alla fontana vecchia, aVia S. Maria.
Come abbiamo detto, la quosi totalità delle gallerie erano adibite a cantine, solo alcune potevano avere una funzione originaria originaria diversa, poi, riprese e trasformate in cantine.

Così, quella sotto l' ospedale di Nettuno il cui accesso può essere dalla Chiesa di S. Francesco. Su una parete vicino ad una nicchia si trovano altre nicchiette e su una di queste vi è una piccola croce vicino alla quale sempre intagliata, la lettera "M": poteva prefigurare una piccola chiesa. In altre nicchie della stessa galleria, hanno scavato sul pavimento delle buche. Così in alcune nicchie vi sono dei ripiani che potrebbero essere serviti per ospitare le salme. Ora le buche sono ripiene di acqua che, proveniente dall'alto percola al contatto tra i due tipi di Macco e sta lentamente riempiendo la galleria. Alcune volte della galleria sono più elaborate e presentano una forma a crociera; insomma, il tutto da la sensazione di essere davanti ad una chiesa molto primitiva.
Così pure l'enorme sviluppo di gallerie e cunicoli che sono nel Macco per centinaia di metri, sotto Villa Borghese, purtroppo alterate dalla forma originale, ampliate, corredate di pavimenti in cemento, adibite a quartiere generale della Quinta Armata americana nell'ultima guerra, potevano servire, in un lontano passato, a un rifugio fortunoso di tutta la popolazione del Borgo per sfuggire ai Saraceni invasori.

Nelle gallerie e cunicoli osservati, non si è trovato nulla che potesse attestare la presenza nel Territorio dei Romani. Solo sotto l'Ospedale Barberini, al livello topografico e con entrata dalla Piazza S.Francesco, vi è una lunga galleria, ora divisa in due: parte del muro della parete di sinistra è formato da blocchetti di lava leucitica raffigurante "l'opus reticolatum" che si ritrova poi, più in alto, nel giardino della chiesa.
L'indagine geologica di superficie ci ha permesso di constatare l'integrità strutturale delle mura perimetrali del Borgo, tranne piccoli cedimenti, dove occorrono piccole opere di restauro e pulizia con sigillatura degli elementi costruttivi.

Per quanto riguarda i fabbricati del Borgo, nell'insieme, i muri sono abbastanza integri e privi di lesioni di un certo rilievo.
Le lesioni interne ed esterne di alcuni fabbricati, non sono recentissime. Si sono verificate, a sentire i proprietari, durante la costruzione del nuovo porto, quando i battipali per la costruzione delle panchine immettevano nel sottosuolo tensioni e vibrazioni che si propagavano verso il Borgo, e, per la presenza delle gallerie, si amplificavano facendo sentire la loro influenza con conseguenti piccoli cedimenti.
Altre lesioni, anche fuori dal Borgo, sono state provocate, o perché si sono allargate le gallerie sottostanti, diminuendo così la base di appoggio delle fondazioni, o appesantendo i solai o creando balconi e terrazze nel corso di ristrutturazioni.
Quello che si è notato, con una certa preoccupazione è 1'umidità che, dal livello delle strade, risale su per i muri in molti edifici.
Un esempio eclatante si nota a Piazza S.Giovanni, capillari di umidità risalgono, quasi a vista d'occhio, lungo i muri perimetrali della chiesa per due tre e più metri, specie nella parte frontale.
Molti abitanti del Borgo si lamentano di questo fatto, locali, una volta asciutti ora sono pieni di acqua sia percolante che di condensazione. Le opere risanatrici con impermeabilizzazioni, muri impermeabili con intercapedini, vengono effettuate senza risalire alla causa principale.

In alcune cantine sono stati costrutti muri impermeabili per frenare il deflusso delle acque, che non potendo più circolare per scaricarsi al mare, si accumulano in alcune gallerie abbandonate e per frange capillari risalgono e impregnano le fondazioni. Ciò, probabilmente è quello che sta accadendo alla Chiesa di S. Giovanni.

La pavimentazione delle strade del borgo, in blocchetti di roccia vulcanica leucitica è sconnessa in alcune parti, il susseguirsi di lavori fatti dall'Enel, Erogasud, Carano, con ripristini affrettati, hanno rotto la sigillatura superficiale resa impermeabile negli anni, per cui l'acqua piovana filtra nelle fessure, le allarga imbibisce il sottostante strato sabbioso dunale, e in molti punti ristagna, trovando il Macco nella Facies impermeabile, per cui si formano avvallamenti o piccole frane come a Piazza Colonna.

Del resto, laddove il Macco è permeabile! L'acqua defluisce in basso, dove ci sono gallerie e cunicoli sbarrati in alcuni punti da muri impermeabili, l'acqua, percolando dalle volte e dalle pareti, si accumula e il suo deflusso e prosciugamento avviene in tempi lunghi, lasciando i luoghi fortemente umidi

A suffragio di quanto detto, soprattutto per la Chiesa S.Giovanni, un privato ci ha mostrato una mappa del 1910 che raffigura una galleria di entrata in un fabbricato frontale una decina di metri dalla facciata della Chiesa, fabbricato poi demolito, questa galleria si snodava in tre corridoi, quello di mezzo passava sotto la facciata nel suo punto di mezzo e sia addentrava sotto la Chiesa per 5-6m, e i due corridoi laterali si dirigevano ai lati della Chiesa.
La nostra supposizione, prende corpo e probabilmente la galleria abbandonata e chiusa da muri, ai lati, è piena d'acqua.