Il 13 settembre 1594, il giovane Marcantonio Colonna III e la nonna Felice Orsini, vedova di Marcantonio Colonna (1). avevano venduto per 400.000 scudi Nettuno, con i porti d'Astura e d'Anzio, tutte le terre, castelli,uomini e bestie alla Reverenda Camera Apostolica, amministratrice dei beni dello Stato Pontificio.
Il papa Clemente VIII aveva reso noto l'acquisto con una sua lettera ai Nettunesi e, allo scopo di arrecare loro qualche beneficio, aveva promesso di disboscare, estirpare e ridurre a cultura tutto il territorio nettunese. Inoltre, perché gli abitanti potessero produrre in abbondanza il grano e tutto quello che occorreva e farne commercio, aveva promesso di ripristinare almeno in parte il porto neroniano.
Nel 1599 nasce Andrea Sacchi (2), che contrassegnerà della sua arte tutta la pittura del seicento romano.
Tra il 1625 e il 1626 la Camera Apostolica restaura le fortificazioni del borgo e ricostruisce il baluardo S. Rocco verso levante. A ricordo vi pone gli stemmi di Urbano VII (Giovan Battista Castagna) e di Monsignor Cesi (3) , tesoriere della Camera. Il Pontefice Gregorio XV (Ludovisi, 1621-1625) viene a Nettuno per visitare il convento di Santa Maria del Quarto, costruito dalla Comunità Nettunese con a capo il Priore Francesco Segneri. padre di Paolo.
Il 30 settembre 1648 Camillo Pamphilj (4) compra da Federico Cesi il palazzo di Nettuno. che da taluni viene attribuito al disegno di Jacopo Barozzi il Vignola, e nel 1650 lo amplia notevolmente. Nel 1656 la popolazione di Nettuno, di 3000 abitanti, è decimata dalla peste e ridotta a 860 abitanti. A beneficio dei più poveri, viene istituito il Monte Frumentario. per la distribuzione del grano. Nel 1660 il cardinale Vincenzo Costaguti costruisce la Villa Bell'Aspetto.
Nel 1661 il cardinal Tornali, vescovo di Albano ordina che si porti in processione la statua di Nostra Signora delle Grazie nella Chiesa Collegiata e che se ne celebri solennemente la festa nella prima domenica di maggio.
Tra il 1697 e il 1700 il pontefice Innocenzo XII (Antonio Pigliatelli, nobile di Napoli, 1691-1700) fa costruire il nuovo Porto di Anzio, abbandonando quello che restava del Porto Neroniano
Nel 1700 lo stesso papa acquista dal principe Giovanni Pamphilj tutta la valle intorno al nuovo porto, allo scopo di consentire ai nettunesi di costruirvi le loro abitazioni ed agevolarli nei loro commerci marittimi.
A maggio del 1700 si inaugura il nuovo porto. Contemporaneamente il papa nomina una Commissione amministrativa composta da un componente della famiglia Pamphilj (il cardinale Benedetto), da due cittadini romani e da alcuni prelati. I Nettunesi, per i quali e stato costruito il porto dopo tante e pressanti istanze rivolte al papa, ne sono ingiustamente esclusi.

1) I Colonna hanno una parte importantissima nella storia di Roma e della Chiesa, spesso in lotta con i pontefici e con altre grandi famiglie nobili romane come i Caetani e soprattutto gli Orsini.
Fra i vari rami in cui i Colonna sono divisi in quest'epoca assume soprattutto importanza quello di Paliano, esistente fin dal 15° secolo, come ramo di Paliano-Genazzano, ed eretto in principato da Pio V nel 1570. Nel 16° sec., oltre a Prospero e a Fabrizio, si distinguono Ascanio, figlio di Fabrizio, nemico di Paolo III, e il figlio di lui Marcantonio, l'ammiraglio vincitore della battaglia di Lepanto.
I Colonna sono signori di Nettuno dal 1426, quando papa Martino V (Oddone Colonna) assegna il possedimento al nipote, cardinale Antonio Colonna, fino al 1501, quando papa Alessandro VI (Borgia) lo da al nipote Rodrigo Borgia. Alla morte di Alessandro VI, poi, nel 1504, Nettuno ritorna ai Colonna.

2) Andrea Sacchi è pittore e architetto, iniziatore e massimo esponente della pittura classica a Roma nella prima metà del secolo XVII. La tradizione lo vuole nato a Nettuno, da un pittore di modeste qualità. Benedetto Sacchi. Ma la studiosa Ann Sutherland Harris, che nel 1977 ha pubblicato una completa biografia del pittore, ricava dal suo testamento che il vero padre sarebbe stato un certo Niccolo Pellegrini da Fermo. Benedetto Sacchi sarebbe, quindi, solo il suo padre adottivo. La data della sua nascita è fissata al 30 novembre 1599. Secondo Giuseppe Brovelli Soffredini (Neptunia, pagina 124 e ss.), il padre sarebbe un tale Giacomo. "Il 29 ottobre del Ì606 -scrive Brovellì Soffredini- Giacomo Saccchi, padre di' Andrea, con instromento del Notaio Ferdinando De Battisti nominava un tal Domenico Banconi esecutore testamentario e lasciava un censo annuo di' scudi sette a favore del Convento e Chiesa dì San Francesco in Nettuno, ove il detto Giacomo aveva una cappella gentilizia nella quale i religiosi, ogni anno, dovevano celebrare una messa secondo la volontà del testatore. Il legato è descritto in una lapide posta nella aorte destra della Chiesa suddetta e, per primo, figura scritto il nome di Giacomo Sacchi di Nettuno Il padre lo manda a scuola di Giuseppe Cesari, detto il Cavalier D'Arpino, dove impara a dipingere copiando le opere di Raffaello, di Polidoro da Caravaggio, le statue e i marmi antichi. Poi passa alla scuola del bolognese Francesco Albani, che lo introduce nell'ambiente dei fratelli Agostino, Annibale e Ludovico Carracci, innovatori della pittura del seicento emiliano e romano.
Le sue opere principali sono il "Miracolo di San Giorgio" (cappella Clementina di San Pietro in Vaticano), il "Miracolo di San Gragorio" (Roma, Museo Petriano); il "Il transito di S.Anna" (Roma, S. Carlo ai Catinari), il "Il Miracolo di S. Antonio" (Roma, Chiesa dei Cappuccini), la "Allegoria della Divina Sapienza" (Roma, palazzo Barberini), il "Noè ebbro" (Berlino, Kaiser-Friedrich Museum). E poi il "Caino e Abele" (Roma, Galleria Barberini), la "La purificazione della Vergine" (Perugia, Pinacoteca), un gruppo di tele per il Battistero Laterano, la "visione di San Romualdo" (Pinacoteca Vaticana) e il quadro dell'altare maggiore della Chiesa di San Francesco in Nettuno, raffigurante la "Vergine di Loreto e San Bartolomeo". In architettura conosciamo un progetto dì ristrutturazione del Convento della Minerva a Roma e il Battistero di Costanti no in Laterano.
Andrea Sacchi muore a Roma il 21 giugno 1661.Il suo allievo Pier Paolo Naldini gli dedica il monumento funebre in S. Giovanni in Laterano

3) I Cesi sono una famiglia originaria forse del paese omonimo, presso Terni. Il casato ha una parte eminente nella vita della Chiesa e partìcolarmente i cardinali Paolo Emilio (1481-1537), protonotario apostolico, e Federìco (1500-1555), giurista; apostolico, vescovo di Orte e Civita Castellana nel 1538, di Sutri e Nepi nel 1539 e cardinale nel 1542; Pier Donato (1521-1586), legato a Bologna, vescovo di Marni dal 1546 al 1566, nunzio a Venezia e in Francia, cardinale nel 1570; Bartolomeo (Roma 1567 - Tivoli 1621), cardinale dal 1596, arcivescovo di Ponza dal 1608 al 1614); Pierdonato II (Roma 1581 - 1656), protonotario apostolico, cardinale dal 1641, erudito e scrittore. Fra i suoi membri più insigni è da ricordare Federìco, naturalista italiano (Roma 1585 - Acquasparta 1630), che promuove la fondazioni: dell'Accademia dei Lìncei, di cui è fino alla morte animatore e finanziatore. Come naturalista è uno dei maggiori precursori di Linneo. Nel 1615, il cardinale Bartolomeo Cesi costruisce un villino con prospetto sul mare, sull'attuale piazza Colonna. Lo adorna di un bellissimo giardino ricco di piante e di acqua concessa dalla Comunità di Nettuno e tolta dal bottino che contiene le acque per muovere la mola del paese. Acquista poi il suolo per costruire un'altra villa ricca di viali e parchi (di proprietà dell'abbazia Colle di S. Nicola). Nel 1648 Federìco, duca di Acquasparta, vende il villino al principe Camillo Pamphilj, nipote dì Innocenzo X (Pamphilj). Sul villino il compratore costruisce, appoggiandolo atte mura di fortificazione del borgo, l'attuale Palazzo. In esso ospita donna Olimpia Madalchini, anteriormente all'esilio intimatele da Alessandro VII.

4) I Pamphilj sono una famiglia romana originaria forse di Gubbìo. Si trasferiscono a Roma verso la fine del 15° sec. con Antonio, che ottiene privilegi e favori dal papa Sisto IV. Nel 1644 Giovanni Battista (1574-1655) diventa papa col nome di Innocenzo X, alla cui elezione contribuisce notevolmente Olimpia Madalchini (Viterbo 1594 - San Martino al Cimino 1657). Questa ha sposato in seconde nozze Pamfilio, fratello del papa, presso il quale mantiene quasi costantemente una forte influenza, attirandosi rancori da più parti. Viene perciò allontanata da Roma (1655) da Alessandro VII, succeduto a Innocenzo X. Suo figlio Camillo (Napoli 1622 - Roma 1666), è il famoso cardinal-nipote. Dallo zio papa viene nominato generale della Chiesa e comandante della flotta. Nel 1650 costruisce a Nettuno il palazzo nel borgo, trasformando il casino dei Cesi. I Pamphilj si estinguono nel 1760 alla morte di un altro Camillo, pure cardinale. L'eredità è raccolta da Giovanni Andrea Doria Pamphilj Landi, discendente per via materna dai Paniphilj e dai Borghese Aldobrandini. Molti terreni dei Doria-Pamphìlj erano in contrada Campoleone di Nettuno. (vedi "Neptunia" di G. Brovelli Soffredini, Roma, 1923, pag. 130).

5) Giuseppe Masse! è nato a Lucca nel 1626 e morto a Roma nel 1698